Bonjour,
Il faut voir  
 
Comme ton texte n'est pas précis, je ne sais pas si ta petite partition est une partition de démarrage, ou une partition décorative (diag) 
 
Dans le démarrage de Windows 7 (ou 10), tu passes toujours par un fichier 
BCD et un fichier 
bootmgr qui se trouve dans un dossier 
 \boot
La suite du démarrage se fait via la partition Windows.
La partition de 100 MB est très petite et n'est pas une partition perdue, elle contient le dossier \boot (qui était auparavant dans la même partition que \Windows)
Si tu installes Win7 sur un disque déjà partitionné, tu gardes tes partitions d'origines (1 ou 2 ou ..) et le dossier \boot sera simplement un dossier caché dans ta partition \Windows.
Si tu installes Win7 sur un disque neuf (ou remis à neuf) tu auras une partition spécifique mieux protégée contenant ton dossier \boot (100 MB pour Win7)
Si le PC est récent (-> 2012) avec BIOS UEFI (je ne sais pas si c'est le cas du PC à dépanner)
Tu peux forcer l'installation sur une seule partition en créant une seule partition qui occupe tout le disque (format MBR et ses limites)
Les disques des PC récents sont formatés au format GPT et 
doivent contenir une partition EFI avec les fichiers de démarrage.
(pour Windows, le fichier de démarrage 
bootmgr que tu retrouves dans la partition \boot sera alors
 bootmgr.efi
Dans ce dernier cas, la partition EFI  peut contenir les fichiers de démarrage de plusieurs systèmes (Windows, Linux ...)
Pour les curieux, la partition EFI est bien cachée -> Sous Linux, on peut monter cette partition dans un dossier (j'ai choisis EFI) pour voir le contenu du dossier \boot pour Windows 
video naviguer dans la partition EFI  
 
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Le fait de changer de disque (et donc de n° de série de ta partition) va probablement rendre ton fichier de démarrage BCD incorrect -> Windows ne va plus démarrer.
A l'achat de certains disques, on t'indique un lien d'un programme pour migrer Windows sur un nouveau disque
Sans achat, tu as le choix de réinstaller Windows, (si tu as la clé de licence)
ou de recoller la partition Windows sur un autre disque de la même machine (et pas une autre puisque les pilotes sont spécifiques à la machine)
Ensuite, via le DVD (ou Clé USB) d'install, et même si tu as détruit le dossier \boot, tu peux 
réparer le démarrage
ou passer par la commande " 
bootrec /rebuildbcd "
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L'autre problème est d'avoir un programme pour copier tes partitions.
Le problème est plus délicat si ta partition d'origine comporte des secteurs défectueux (certains programmes s'arrête et se plante)
Moi, pour copier des partitions de disques (ou le disque entier) j'utilise une clé USB avec clonezilla (il suffit de cocher continuer en cas de secteurs défectueux)
C'est gratuit, le copie du disque dégradé peux se faire vers un disque neuf branché à la machine (éventuellement en USB) ou en faisant une sauvegarde via un disque externe.
Ce programme fonctionne parfaitement, mais a un look plutôt triste et devient compliqué si tu recolles tes partitions dans un ordre différent
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Avant  de commencer, regarde sur le disque à remplacer, ou se trouves le flag boot (démarrer) 
-> Peux tu montrer ce que le 
gestionnaire de partitions t'affiche et indiquer la raison du changement de disque 
Suite si tu es patient (j'ai peux de temps libre ) et que tu comprends que le démarrage de Windows est délicats à migrer  
jjcojax